لقد بحثنا أمرَ الرسوم بدقة وشفافية وتابعنا أغلب الجامعات التي تُقدم خدمة التعليم عن بعد ولاحظنا أن التكاليف مرتفعة بالنسبة لطلاب العلم الراغبين بتعلم العلوم الشرعية لا سيما في البلاد العربية، إذ تترواحُ التكاليف بين 750 دولار للسنة الواحدة إلى حد يصل إلى 3500 دولار وهذه مبالغ مرتفعة بالنسبة للطلبة محدودي الدخل.
ولأجل ذلك قررت إدارة أكاديمية المنهاج للدراسات الإسلامية تخفيض الرسوم الدراسية حتى تلحق بركب الأكاديميات التي تُقدم التدريس شبه المجاني